El español Marc Márquez (Repsol Honda RC 213 V) sumó su quinta victoria de la temporada y con ello logró contra pronóstico su tercer título mundial de MotoGP en el circuito de Motegi, escenario del Gran Premio de Japón.
Márquez se vio beneficiado de las caídas de sus inmediatos perseguidores en la tabla del mundial, el italiano Valentino Rossi, primero, y el español Jorge Lorenzo, después, para conseguir matemáticamente el título, el quinto en su trayectoria en el campeonato del mundo de motociclismo.
Al español de Repsol Honda, que fue el más rápido en la salida, le superaron los dos pilotos de Yamaha a final de recta, tanto Jorge Lorenzo como Valentino Rossi, si bien un par de curvas más tarde el de Repsol Honda recuperó la segunda posición y el italiano se las tuvo que ver con el también español Aleix Espargaró (Suzuki GSX-RR), que le adelantó en un par de ocasiones.
Las primeras vueltas resultaron frenéticas, con Jorge Lorenzo delante intentando escaparse mientras que Márquez y Rossi protagonizaron momentos de alta tensión con adelantamientos al límite entre ambos.
A ritmo de vuelta rápida en el tercer giro tanto Marc Márquez como Valentino Rossi se colocaron tras el rebufo de Lorenzo, que rompió el "pelotón" de MotoGP y seleccionó a sus cinco mejores unidades iniciales, con ellos tres y Aleix Espargaró y Andrea Dovizioso (Ducati Desmosedici GP16) unos metros más atrás.
En la cuarta vuelta el piloto de Repsol Honda tomó la iniciativa y superó a Jorge Lorenzo, que aguantó tras él y se defendió de los ataques de su compañero de equipo Valentino Rossi con maestría mientras los otros dos integrantes del quinteto, Espargaró y Dovizioso, se iban quedando atrás.
Márquez comenzó a tirar con fuerza para ser él quien abriese un hueco respecto a sus perseguidores, aunque tardó un par de giros en conseguirlo. Valentino Rossi superó a Jorge Lorenzo en la sexta vuelta, en la que el de Repsol Honda hizo vuelta rápida, para intentar evitar la fuga de su rival por el título mundial de 2016, pero su ambición le llevó a cometer un error una vuelta más tarde.
Rossi se cayó en la curva diez, la que da acceso a la recta posterior, pero pudo levantar la moto y llegar hasta su taller para intentar continuar, pero los daños en la moto se lo impidieron y su segunda moto no cumplía con las especificaciones necesarias para poder regresar a la pista, por lo que el italiano dijo adiós a sus opciones de plantar cara por el título a Márquez.
El equipo técnico del piloto de Repsol Honda no tardó en marcar en su pizarra que Rossi estaba "k.o", pero con Jorge Lorenzo en la segunda posición, Márquez no podía proclamarse matemáticamente campeón del mundo, aunque el de Cervera continuó con un ritmo firme abriendo unas diferencias que en nueve vueltas eran ya de más de dos segundos respecto a su inmediato perseguidor.
El suizo Thomas Luthi (Kalex) se adjudicó su tercera victoria de la temporada en Moto2 y el francés Johann Zarco (Kalex) logró aumentar su ventaja al frente de la clasificación provisional del mundial hasta los 21 puntos pues no fue el fin de semana de Alex Rins (Kalex).
Rins hizo unos malos entrenamientos por las molestias que en su lesionado hombro le produjo una nueva caída durante los entrenamientos, y otro nuevo percance en apenas tres curvas de carrera, las que tardó en caerse presionado por la necesidad de recuperar posiciones cuanto antes, lo que le dejó sin puntuar en Japón.
El italiano Enea Bastianini (Honda) logró su primera victoria de la temporada y la segunda de su carrera deportiva al imponerse por escasamente 17 milésimas de segundo al surafricano Brad Binder (KTM), matemáticamente campeón del mundo de Moto3 en 2016, y junto a ellos en el podio acabó el japonés Hiroki Ono (Honda), luego sancionado por no cumplir con el peso mínimo del conjunto piloto/moto para la categoría.
Con la caída de Jorge Navarro (Honda), Joan Mir (KTM) fue el mejor español en la décima posición.
